Aunque la conquista del altiplano mexicano se consumó en 1521, la Sierra Gorda todavía era un territorio inexpugnable para la civilización española a pesar de los esfuerzos de particulares y misioneros, por lo que para vencer ese “manchón de gentilidad”, el gobierno novohispano ideó un plan para incursionar militarmente en la Sierra Gorda y reducir a los indígenas pues no era posible que estando ya conquistados los lejanos territorios del norte y del sur de América, a trescientos kilómetros de la ciudad capital del virreinato más importante de España, imperara todavía una religión que no era la católica ni se reconocía al rey de España como señor y gobernante. Dice Palou que en ese manchón de gentilidad vivían indios que de cristianos sólo tenían el nombre al haberlos bautizado muy por encima sus padres cuando de pequeñitos bajaron a un pueblo fundado por españoles.
En 1743 Escandón reconoció el territorio de la Sierra Gorda en su totalidad, buscando no las altas montañas sino cinco valles fértiles donde finalmente se asentaron cinco pueblos que darían tributo a la Corona Española antes de ocho años. En el año de 1744 Escandón sale de Querétaro el 5 de abril y entra a la Sierra Gorda por Cadereyta y funda las misiones de Santiago de Jalpan el 21 de abril, San Miguel Concá el 25 de abril, la Inmaculada Concepción de Landa el 29 de abril, San Francisco Tilaco el 1º de mayo y Nuestra Señora de la Luz de Tancoyol el 3 de mayo. Me llama la atención que la misión de Concá se llamara originalmente San Miguel de Fonclara y la de Landa Santa Rita de Agua de Landa.
Esto no significa que se hayan construido los templos barrocos que ahora conocemos en dichos lugares sino que se fundaron las misiones en el sentido jurídico y político de la palabra, es decir, ante escribano real la Corona Española señala varios kilómetros cuadrados con el objeto de que los frailes franciscanos del convento de San Fernando, con sede en la ciudad de México, invitaran a los indígenas a vivir en un lugar común donde se les enseñaría el catecismo, el idioma español, artes y oficios, así como cultivar la tierra y la ganadería. Con esta finalidad Escandón sugiere al virrey expulsar a los frailes agustinos de la Sierra Gorda y entregar los sitios misionales a fray Pedro Pérez de Mezquía. Estas misiones llegaron a reunir unos tres mil quinientos indios, y estaban protegidas por un capitán al frente de una compañía. En cada misión había soldados para escoltar a los frailes, mantener el orden y capturar a los indígenas que intentaban fugarse. Los frailes eran las autoridades en las misiones, pero ejercían su control con el apoyo de los soldados. También organizaron un gobierno indígena en cada misión: se elegía un gobernador, alcaldes, cabos y fiscales. Las faltas y pecados de los indígenas se castigaban con azotes administrados por los fiscales indígenas. Se expidió la orden de que los indios vivieran en la misión en que hubieran sido empadronados, y si huía de ella, tenía derecho, al ser aprehendido, a volver a residir en ella a menos que adujera razonamientos bastantes como para entender su repulsa a seguir allí y enviarlo a otra.
Cabe mencionar que no todos los métodos de Escandón y los primeros misioneros fueron respetuosos de los derechos humanos de los indios, ya que soldados y frailes arrasaron con caseríos y poblados enteros donde quemaban lasa viviendas de los naturales para obligarlos a vivir congregados en las nacientes misiones o reducciones. Es curioso notar cómo los crucíferos franciscanos de Querétaro fueron excluidos de este ambicioso proyecto por no haber dado los resultados esperados a pesar de que el convento de la Cruz de Querétaro fue foco de civilización para fundar las misiones del norte y centro de América.