Para el insigne historiador dominico Esteban Arroyo, los franciscanos no regresaron a las misiones de Ranas, San Juan Tetla, Maconí y las otras predichas, y no lo hicieron –según el autor en comento– porque los indios se remontaron a sus cuevas al ser nombrado Labra el viejo alcalde mayor de Huichapan (agregando yo que precisamente en ese año ocurrió también la muerte de don Jerónimo).
El rey de España procuró informarse acerca de la persona que podría asumir la tarea de reducir y evangelizar a los jonaces, y persuadido de que el indicado era el padre Felipe Galindo giró las órdenes correspondientes al virrey Conde de Galve por cédula del 14 de mayo de 1686, mismas que cumplimentó fray Felipe Galindo haciéndose cargo de la misión de Maconí en diciembre de 1687. Hay que acotar que el rey basó su decisión gracias al apoyo que don Felipe de Galindo recibió para su designación en la opinión favorable del Arzobispo de Compostela, Antonio de Monroy e Híjar, ilustre queretano de origen.
Aclara Esteban Arroyo en su obra “Las misiones dominicanas en la Sierra Gorda de Querétaro” que el rey no encomendó a la Provincia Dominicana de México las misiones serranas, sino que la encomienda la hizo personalmente al maestro Galindo, a tal grado se dio esto que don Felipe –que ya no era provincial- no contaba con otros religiosos que lo ayudaran en San Juan Tetla, Maconí y Vizarrón.
Por ello Zaraza pidió al virrey en 1690 que entrara la orden dominica con todo su potencial, para cubrir desde Maconí a los indios de Deconí, San Juan Tetla y los de Las Ranas. El maestro general de la orden de Santo Domingo había firmado una patente desde mayo de 1688 que autorizaba a los religiosos dominicos a trabajar en las misiones hasta ese tiempo encomendadas a fray Felipe. Esto lo aclaro porque existe un documento franciscano del año 1723 en que consideran que los dominicos no tienen ni han tenido parte en la fundación o trabajo en las misiones de Las Ranas, San Juan Tetla, San Onofre, Asiento de Gatos, Masatiapa, Rancho Quemado y Yerbabuena.
Para Nieto Ramírez, la nueva fundación de Maconí tuvo lugar en 1689 por parte de los dominicos, pero al ser constantemente atacada fue abandonada. En 1692 el rey Carlos II confirma para los dominicos la Sierra Gorda y en 1703 se da un nuevo levantamiento de los jonaces, producto del resentimiento de los indios en contra de los soldados españoles por haber matado a tres hombres en el rancho de Las Ranas, sin embargo parece que se habían calmado y habían regresado a la sierra más o menos tranquilos después de haber estado en La Laja más de un mes en espera de que las autoridades de Cadereyta les hicieran justicia y no haberla conseguido porque nadie les hacía caso.
El licenciado Francisco Zaraza hace una guerra cruel en 1704 en contra de los chichimecas, convierte en presidio a Vizarrón y muere en él atacado por los rebeldes. En 1705 un dominico es nombrado capitán general, pacifica a los jonaces y a su muerte los indios se rebelan de nuevo. Entre 1713 y 1714 Gabriel Guerrero Ardila intenta reducir por las buenas a los aborígenes, fracasa en sus negociaciones y declara la guerra. Jerónimo de Labra el joven auxilia a Ardila y con su ascendencia logra la llamada “paz de Maconí” y en 1716 recibió el nombramiento de capitán general y protector general de los indios chichimecas.
De Labra tomó posesión de Maconí (ahora misión franciscana y casi presidio según de Labra) el 2 de marzo de 1715 y los propios indígenas escogieron este lugar como cabecera de la que dependerían otros puntos de congregación como el mismo Ranas. Se empadronaron seis cuadrillas (bandas) de indígenas, pero solamente describiré en este trabajo las que tienen que ver con el hoy Municipio de San Joaquín:
La primera es la de Marcos de Segura, alias el desnarigado, capitán que asiste en varios parajes, entre ellos San Juan Tetla; la segunda es la de Manuel el Vriandé que tiene su habitación en Las Ranas, Deconí, el Doctor y La Laja; la quinta es la de Francisco de Tovar, asistiendo Maconí, El Doctor y cerro de San Nicolás y la sexta, la de Cristóbal Martín, asistiendo en el cerro de San Nicolás, el Río Grande y Vegas de Lirios.
Una vez que se terminó el empadronamiento, se hicieron elecciones de alcalde y gobernador de indios, durando esta situación de normalidad hasta 1721 en que Jerónimo de Labra el joven acabó con su caudal y tuvo que pedir ayuda económica al virrey Marqués de Valero, quien le asignó un caudal de cuatrocientos pesos mensuales. Sin embargo, en una carta del comisario general fray Pedro de Navarrete al ministro general de la orden franciscana fechada el 12 de agosto de 1739, asegura que de Labra extorsionaba a los indios y que nunca buscó el bien de las almas de los indios sino el incrementar su hacienda.
Por otra parte, el 7 de agosto de 1724 se publican unos pregones para el repartimiento de la sierra por la región de Cadereyta, intentando con esto beneficiar a doscientos soldados, los cuales ya habían señalado los sitios que deseaban poblar. Esta disposición la dictó el virrey Marqués de Casa Fuerte porque dichos milicianos organizados desde Cadereyta no cobraron nunca sueldo alguno por sus servicios. La división dio como resultado quince grandes posesiones, las cuales todavía conservan sus nombres populares como Ranas, San Juan Tetla, San Cristóbal, Revuelve Gallinas, San Onofre, Culebras, La Desgracia, Yerbabuena, Tunas Mansas, Junta de los Ríos y Magueyes Prietos. El problema ahora no es nada más con los jonaces sino con presuntos poseedores españoles, como el hacendado y regidor perpetuo de Querétaro, José Fernández Fontecha, quien reclamaba para sí casi todo el territorio de lo que hoy es el Municipio de San Joaquín, decidiendo el virrey a favor de los soldados y no del regidor. Por cierto que el descubrimiento y explotación de la primera mina a cargo de estos milicianos ocurrió en 1728 y la bautizaron con el nombre de San Juan Nepomuceno.
Por una certificación de fray Diego José Martínez Moctezuma ocurrida en Cadereyta el 8 de junio de 1736, consta que tal religioso envió al padre José de Luga a decir misa y bendecir la primera hacienda del nuevo real de minas descubierto y fundado por Francisco Romero en San Cristóbal.
En un informe del 16 de noviembre de 1792, del padre Juan Guadalupe Soriano, de la orden franciscana, al virrey de Bucareli, le dice a éste que fundó la misión de Bucareli “en Ranas y El Plátano” dando a entender que la influencia de esta misión nueva –cercana a los límites actuales entre los municipios de San Joaquín y Pinal de Amoles– llegaría a los poblados arriba citados.
Termino este episodio con expresando que San Joaquín fue distinguido como municipio libre el 3 de julio de 1941 gracias a la iniciativa que al poder constituyente local hizo don Noradino Rubio Ortiz, un gran gobernador que sí quiso a la Sierra Gorda y a los serranos.