A todos los indios que llegaron a lo que hoy es Santiago de Querétaro entre 1531 y 1570, Fernando De Tapia los avecindó hacia el barrio hoy de San Francisquito, poblando de casas el contorno del cerro «Sangremal» por sus lados sur, oriente y norte, hasta las calles hoy de Don Calixto, Huarachita, Media Luna, Moyas, etc., siendo necesario desecar la laguna que existía en donde hoy existe la hacienda de Carretas, hacienda de Callejas, La Quinta y solares de San Isidro, para poblar allí, como en efecto pobló.”
A los españoles que quisieron quedarse aquí con él, les señaló sus solares de la falda del «Sangremal» hacia el poniente, quedando por lo mismo entre el barrio de los naturales y el de los españoles, un buen espacio de cerro montuoso. El lugar donde asentó el pueblo estaba hecho un arcabuco; es decir, eriazo y montuoso. Trajo muchos indios de San Miguel y de estos contornos para poblar.A estos indios les señaló sus terrenos y solares por el barrio de San Francisquito, La Cruz y la futura hacienda de Carretas, quedando entre ambos pueblos, como dice José María Zeláa en sus Glorias de Querétaro, un espacio de monte boscoso en el que se daban casos de robo.
Luego de dedicarse a disecar la laguna que existía en el valle que está entre el Sangremal y el cerro de Los Molinos de Carretas, explotó la ciénega y manantiales de La Cañada; abrió cauce al río, hizo las acequias, tanto para el riego de solares como para el rendimiento del pueblo: reglamentó el reparto de aguas; puso un viñedo de 500 cepas en Pathé, fundó el hospital franciscanoy se dedicó a levantar el templo de San Francisco.
Ya pacificado Querétaro, Hernando de Tapia fue propietario de grandes extensiones de tierra, pero no se tienen noticia de todas ellas, aunque se deduce, a partir de dos documentos originales, que cuando menos fue dueño de tierras en Tequisquiapan, San Bartolomé Aguascalientes, Metepeque, Huimilpan, Atlizala, Santa María Magdalena, Juriquilla, San Francisco (hoy El Pueblito) y un lugar denominado El Cerrillo. Todo esto lo heredó Diego de Tapia al morir sus padres y sus hermanas; Diego de Tapia al parecer nació en 1560 en el pueblo de Querétaro pero su cacicazgo fue confirmado hasta 1581.
En los primeros años -a partir de su fundación- el nombre oficial fue el de “Pueblo de Indios de Querétaro”, así como se lee y se oye, sin agregar el “de Santiago”, lo que sucedería hasta la creación de la categoría de ciudad otorgada por el rey de España en 1655-1656.
No hay pruebas concretas que nos indiquen cuándo se trazó el asentamiento hacia el lado oeste del Cerro de Sangremal, eclipsando así a La Cañada como el centro de Querétaro. Posiblemente fue en la década de 1540-1550.
Debido a los descubrimientos de yacimientos de plata en el norte chichimeca, la población de Querétaro comenzó a cobrar importancia corno una zona segura de abastecimiento y descanso, quedando integrada a la ruta seguida por conquistadores, misioneros, mineros y colonos.Los enfrentamientos entre españoles y chichimecas dieron lugar entre 1550 y 1590 a lo que se conoce como la Guerra Chichimeca.
Querétaro se habría de transformar de un pueblo de indios pequeño en una de las más grandes ciudades del continente en menos de 250 años. Fácilmente podía igualar o sobrepasar en tamaño a las más grandes ciudades angloamericanas, como Filadelfia (40,000 en 1765), Nueva York (25,000 en 1775) y Boston (36,000 en 1815). En la América Latina la excedían en tamaño la Ciudad de México, la más grande del continente, Puebla, La Habana, Bahía, Lima y Río de Janeiro.
Repito una y mil veces: los primeros españoles que arribaron a la región queretana en plan de exploración y posesión procedían de las huestes de Nuño de Guzmán, del gobierno de Guadalajara, y fueron sus primeros encomenderos pero sin realizar actos fundacionales. El primer europeo ante el que se sometió el indio Conni fue Hernán Pérez de Bocanegra, quién llegó a Tlachco (La Cañada) a hablarle para convencerlo de someterse a la corona hispánica. Ahí recibió aquél el bautizo, es decir, en La Cañada.
En 1537 Hernando de Tapia pidió permiso real para establecer un Pueblo de Indios. “Esto se logró en 1538, asentándose Querétaro en donde ahora queda la llamada popularmente Hacienda Carretas, en lo que era el cerro de Las Lomas del Molino de Carretas, hoy fraccionamiento Loma Dorada, junto al actual acueducto construido entre 1726 y 1735, pero este sitio resultó cenagoso, por lo que para 1550, se le cambió a donde hoy se encuentra a partir del convento de San Francisco y fue en este último año cuando intervino Juan Sánchez de Alanís, que aún no era sacerdote, para trazar el pueblo en forma ajedrezada”, según Wigberto Jiménez Moreno, aunque para Juan Ricardo Jiménez no hay constancia del viraje poblacional de La Cañada al cerro Los Molinos de Carretas sino que fue directo de La Cañada a lo que hoy es San Francisco, templo y convento.
